2020 рік, 131 ст. Список використаних джерел містить 98 найменувань. У роботі вміщено 16 рисунків та 2 таблиці
ЗМІСТ
БІОІНФОРМАТИЧНИЙ АНАЛІЗ ГЕНІВ МОРФОГЕНЕЗУ ТА ВТОРИННОГО МЕТАБОЛІЗМУ STREPTOMYCES CYANOGENUS S136
ВСТУП
РОЗДІЛ 1. ОГЛЯД ЛІТЕРАТУРИ
1.1 Геноміка стрептоміцет
1.1.1 Загальні відомості про геном
1.1.2 Контроль морфогенезу
1.2 Методи аналізу кластерів генів вторинного метаболізму
1.2.1 Методи, що базуються на нуклеотидній послідовності
1.2.2 Метаболомні методи аналізу
1.2.3 Комплексні підходи до пошуку
1.3 Перспективи
1.3.1 Що відомо про морфогенез та його зв’язок із вторинним метаболізмом
1.3.2 Нові напрямки розвитку методів пошуку кластерів генів вторинного метаболізму
РОЗДІЛ 2. МАТЕРІАЛИ І МЕТОДИ ДОСЛІДЖЕННЯ
2.1 Матеріали дослідження
2.1.1 Бактерійні штами та плазміди.
2.1.2 Праймери.
2.1.3 Поживні середовища та умови культивування.
2.1.4 Реактиви.
2.1.5 Геноми
2.2. Методи дослідження
2.2.1 Завантаження геномів актинобактерій
2.2.2 Обчислення базової статистики та функціональний опис послідовностей
2.2.3 Філогенетична реконструкція
2.2.5 Розробка rRNADif
2.2.6 Розробка BGCViz
2.2.7 Пошук кластерів генів вторинного метаболізму
2.2.8 Ручна анотація кластерів вторинного метаболізму
2.2.9 Порівняння послідовностей кластерів генів вторинного метаболізму
2.2.10 Виділення плазмідної ДНК
2.2.11 Виділення сумарної ДНК з штамів стрептоміцетів
2.2.12 Полімеразна ланцюгова реакція (ПЛР)
2.2.13 Електрофорез ДНК в агарозному гелі та елюювання фрагментів ДНК
2.2.14 Ферментативна обробка та елюювання фрагментів ДНК
2.2.15 Трансформація Escherichia coli плазмідною ДНК
РОЗДІЛ 3. РЕЗУЛЬТАТИ ДОСЛІДЖЕННЯ ТА ЇХ ОБГОВОРЕННЯ
3.1 Опис геному S.cyanogenus S136
3.1.1 Базовий опис геному
3.1.2 Функціональний опис білок-кодуючих послідовностей
3.2 Філогенетичне положення S.cyanogenus S136. Порівняльна геноміка.
3.2.1 Гетерогенність послідовностей 16S рРНК
3.2.2 Дослідження поширеності феномена внутригеномної гетерогенності послідовностей 16S рРНК. Застосунок rRNADif
3.2.3 Філогенетичне дерево на основі конкатамерів консервативних послідовностей
3.2.4 Порівняння дерев, що базуються на послідовностях 16S рРНК та конкатамерів
3.2.5 Інші методи ілюстрації філогенетичної позиції Streptomyces cyanogenus S136
3.3 Регулятори та гени морфогенезу в геномі S.cyanogenus S136
3.3.1 Гени морфогенезу у геномі S.cyanogenus.
3.3.2 Конструювання векторів, що містять гени гідрофобінів
3.3.3 Поширеність гідрофобінів у роді Streptomyces
3.4 Пошук кластерів генів вторинного метаболізму
3.4.1 Попередній пошук antiSMASH, PRISM, RRE-Finder та DeepBGC
3.4.2 Кластери S.cyanogenus в контексті кластерів інших стрептоміцет
3.4.3 Детальна характеристика регіону
3.4.4 Ручна анотація. Із рангу регіону в ранг кластеру.
3.4.5 BiG-FAM. Один підхід - різні геноми, аналіз подібності до вже анотованих кластерів.
3.4.6 BGCViz. Різні підходи - один геном, візуалізація спільного.
3.4.6 Висновки для майбутньої експериментальної та біоінформатичної роботи
ВИСНОВКИ
СПИСОК ВИКОРИСТАНОЇ ЛІТЕРАТУРИ
ДОДАТКИ
